Cũng giống như những triều vua trước, Bảo Đại sau mấy tháng cầm quyền đã có những hành động phản kháng. Các Hoàng đế tiền nhiệm trước cũng thế. Chỉ sau vài năm thất vọng, họ đã chán ngấy.
Những bức tường thành dường như vô dụng gần như trò cười. Vì từ năm 1884 triều đình đã ngậm ngùi buộc phải chấp nhận sự bảo hộ của người Pháp. Nực cười là ở chỗ tường thành chỉ để che chở cái sân khấu bù nhìn. Những bức tường thành kiêu hãnh, phô trương đã được xây dựng với mục đích phòng thủ quân sự nhưng nay chẳng còn bảo vệ ai. Chẳng có ai đe doạ tính mạng của những người bên trong toà thành đó. Trái lại toà thành là nơi diễn ra những trò chơi cung đình, những dục vọng của các cung phi và những hy vọng bất thành một số người quyền cao chức trọng.
Những thời điểm vẻ vang và tự hào chưa xa lắm nhưng tiếng súng đã không còn rền vang trên tường thành và trong các tháp canh đã từ lâu vắng bóng quân sĩ Không có gì thay đổi. Cũng những bức tường ấy, cũng những không gian dành riêng nhưng hứng khởi và cuồng nhiệt không còn. Hình ảnh những sân bãi đông nghịt văn võ bá quan và lính tráng, áo quần sặc sỡ đã đi vào quên lãng. Và cả mùi vị, tiếng gươm kiếm lách cách, tin tức lan truyền về trận đánh bắt đầu cũng không ai còn nhớ. Đó là năm 1881, khi quân đội của Cộng hoà Pháp dưới quyền đô đốc Courbet lần đầu tiên đánh vào kinh thành. Lính pháo thủ, lính bộ binh thuộc địa Bắc Phi tiến vào các đồn luỹ An Nam, các mô hình cấu trúc quân sự được xây dựng theo các bản vẽ của người Pháp đầu triều Nguyễn. Tường luỹ trụ vững nhưng súng ống của quân "vàng" An Nam, theo cách gọi của binh sĩ Pháp thời đó, chẳng có giá trị gì. Các sĩ quan dũng cảm của các tàu Bayard, Atalante, Lynx đậu trên sông cười nhạo những vũ khí của quân phòng thủ. Đạn pháo của tàu binh Pháp đậu trên sông Hương phá tan các công sự đối phương còn đạn súng thần công của quân triều đình bắn trả lại chỉ làm tung tóe cột nước cách tàu hàng chục mét. Súng thần công quá cổ lỗ, tầm bắn ngắn, không đủ mạnh, chỉ dùng để diễu binh trên sông Hương hoặc để bắn chào trong các nghi lễ, chứ không phải để đánh nhau. Quân tiến công đã chiến thắng, nhanh chóng đè bẹp đối phương, bắn giết như đang thao diễn. Nhưng họ cũng chết không ít khi phải xung phong lên các ngọn đồi xung quanh thành Huế, và các cồn cát ở cửa sông Hương.
Nhưng lần này lính Bắc Phi phải dừng lại ở các cửa toà thành. Quân Pháp chiếm được thành phố nhưng hoàng thành, hnh hồn của kinh đô Huế vẫn đứng vững.
Ngày 5 tháng 7 năm 1885, tức là bốn năm sau, bên kia tường thành bịt kín và các công sự phòng thủ (có tất cả hai mươi bốn công sự khiến cho các bức tường bao quanh không còn vẻ đơn điệu) đầy quân lính, người Pháp tiếp tục uy hiếp. Triều đình Huế đã nhận sự bảo hộ, bây giờ chỉ còn là thi hành những điều khoản chủ yếu và không mềm mại chút nào. Quân đội từ Paris phái tới có một nghìn ba trăm bảy mươi nhăm người do một tướng chỉ huy vừa mới đến, tên là De Courcy. Một con người có nghị lực, thẳng và cả quyết.
Vừa mới được bổ nhiệm, nắm trọn quyền quân sự và dân sự, ông ta đến trình quốc thư lên Nhà vua. Ông sẵn sàng dùng vũ lực để thực thi nhiệm vụ, thái độ lạnh lùng, ngang ngược. Được một nghìn ba trăm người hộ tống ông cho là khá mạnh để chứng tỏ dưới quyền của ông sự bảo hộ sẽ nặng nề và sẽ đụng đến mọi lĩnh vực Ngoài ra ông còn có nhiệm vụ đập tan mọi ý chí đề kháng của triều đình như một người dưới quyền ông đã viết: "Đây là ổ mánh khóe và âm mưu chống lại nước Pháp. Đây là một điểm nhạy cảm phải đánh chiếm và để làm việc này cần phải làm chủ hoàng thành đang che chở triều đình". Viên Khâm sứ cũ đã được giao cùng một nhiệm vụ này nhưng quá nhu nhược và có thái độ hoà giải nên đã bị triệu hồi về Pháp.
Trước mặt, đằng sau các hầm hố của triều đình, vua Hàm Nghi mới 13 tuổi đang trị vì. Bên cạnh vua có hai quan phụ chính có tinh thần dân tộc bài Pháp rất mạnh, làm cố vấn nhưng thực tế đang điều khiển nước An Nam trong thời kỳ chinh phục thuộc địa. Hai quan phụ chính còn nằm quyền chỉ huy quân hộ thành. Cũng giống hoặc gần giống năm mươi năm sau này, đội quân ấy phủ phục trước Bảo Đại, nhưng bây giờ đội quân này, đông hơn, kiêu hãnh và là sự đe doạ đối với quân Pháp. Và còn có những con voi chiến rất đẹp, trông dân dã không còn mấy hiệu lực nhưng cũng biết xông trận, khi tiếng trống nổi lên cùng với tiếng súng vang rền.
Vũ khí sẽ lên tiếng thay cho những lời qua tiếng lại. Cũng như tướng De Courcy, Paris tức giận đòi phải giải quyết sớm.
Nhưng Nhà vua giữ im lặng không trả lời yêu cầu của De Courcy xin bệ kiến để trình quốc thư. Đóng trại ở bên kia sông Hương đối diện với hoàng thành, người Pháp chờ đợi trả lời của triều đình. Một ngày rồi hai ngày...
Mọi cố gắng thương lượng dường như vô ích. Người Pháp biểu dương sức mạnh của vũ khí. Rõ ràng họ nhiều súng, hiện đại hơn: súng trường Gras, đại liên nhiều nòng, là những vũ khí tốt nhất, và pháo binh.
Nhưng binh sĩ Pháp thì sợ đủ thứ: rừng rậm, đêm tối, khí hậu, muỗi..., ở đây còn ánh nắng chói chang trên đất trống không bóng cây. Ngoài những cánh rừng đáng nguyền rủa mà họ đã bỏ xác ở đó không ít, họ còn có trình độ hiểu biết, cảm thấy sẵn sàng phá tan đội quân "vàng" kia.
Đợi đến ngày thứ tư, không thấy triều đình trả lời, De Courcy mở tiệc khoản đãi quân sĩ. Ông mời tất cả các sĩ quan đến ăn tiệc ở trụ sở toà khâm sứ. Hôm đó, thời tiết nóng nực hơn mọi ngày. Mọi vật vẫn im lìm. Đêm đã về khuya, mọi khách mời trở về doanh trại.
Đến một giờ sáng tiếng súng lệnh nổ vang. Một dấu hiệu tấn công. Ngay lập tức hàng nghìn quân Việt mang đuốc và mã tấu tràn vào các doanh trại quân Pháp, mái nhà gianh bén lửa cháy đùng đùng. Cuộc chiến giáp lá cà ban đầu bất phân thắng bại nhưng dần dần lính Pháp được trang bị tốt hơn, huấn luyện thành thục hơn, đã chiếm ưu thế. Bây giờ họ tràn vào bên trong hoàng cung, phá huỷ các công sự phòng thủ, bắn pháo vào sân rồng. Và cuối cùng họ đập tan sự kháng cự của quân hộ thành tuy quân số đông hơn.
Trái tim của nhà nước phong kiến đã bị tràn ngập, cuộc kháng cự tan rã, sự phòng thủ trở nên vô hiệu. Cánh cửa các cung điện mở toang. Lính Pháp lăm lăm súng trong tay xông vào các nơi thâm cung bí ẩn và quý giá nhất của vương quốc.
Việc cướp phá huỷ diệt các cung điện kéo dài suốt đêm ngày. Thư viện đầy ắp pho sách quý cháy ba ngày liền. Hàng đoàn xe lặc lè chở đầy các vật dụng quý giá, vàng bạc, châu ngọc, cả mùng màn, quần áo bát đĩa và đủ thứ" tạp nham khác qua cổng Ngọ môn, vốn chỉ dành riêng cho vua ra vào...
Quân "trắng" cướp sạch, phá sạch để trả thù các hành động khủng bố, những cơn ác mộng của miền đất Đông Dương... Cuộc chinh phục miền đất xốp, ẩm được tiến hành bằng những cuộc tiến quân nhọc nhằn, đổ nhiều mồ hôi và tàn bạo đã tìm được lối thoát.
Người Pháp ở Pháp tán thưởng. Họ theo dõi trận chiến từ xa bởi vì phải bốn tháng sau tờIllustration(Minh hoạ) mới công bố thư của một nhân chứng:"Mười ngày qua rồi mà nhìn quang cảnh Đại nội Huế vẫn thấy khiếp đảm. Chỉ vài doanh trại lớn và cung điện còn đứng vững, không khí vẩn đục vì xác người và súc vật chêt thối rữa không chôn kịp. Trên đường phố chỉ thấy những con chó vô chủ đi lùng sục kiếm ăn trong những căn lều trông rỗng. Trâu bò gà lợn thả rong đi lang thang. Người ta lấy đi trên mười triệu tiền mặt, nhiều thỏi bạc, nén vàng mà các ông thượng thư không kịp mang theo khi chạy trốn. Có cả những đồ mỹ thuật trong cung vua cũng vất tung tóe bên đường".
Nhưng phải đuổi kịp vua Hàm Nghi. Phải bắt cho được nhân vật tiêu biểu cho cuộc kháng chiến An Nam.
Vị vua trẻ cùng quần thần ẩn náu trong rừng ngược lên Thượng Lào định ra Bắc bằng đường núi. Triều thần, hậu cung lũ lượt đi theo Nhà vua. Trong cơn nguy biến, mọi lễ tiết đều châm chước. Các bà Hoàng Thái hậu, các bà phi, chị em gái, cô dì của vua đều phải đi bộ, riêng chỉ có vua, một chú bé 13 tuổi được ngồi trên kiệu có người khiêng. Bất chấp tất cả dù thất bại, cái chết đến gần ngay cả có thể chạy tán loạn. Vua vẫn giữ nguyên tục lệ. Xung quanh là bề tôi, cận thần đi hộ vệ. Họ đông hàng ngàn, là những người giàu có, sáng giá, lưu lạc về nông thôn An Nam. Kiêu hãnh hay vướng víu vì trang sức đầy mình. Trong khi chạy trốn họ làm rơi vãi vàng bạc châu báu mà người nông dân vội nhặt nhạnh ngay. Đàn ông, đàn bà, hoàng thân và người hầu nằm ngủ ngay dưới đất hay trên cùng một chiếc chiếu.
Cùng thời gian đó, khắp nơi nổi dậy phò vua giúp nước. Quân Pháp bị tiêu hao, chết nhiều, cách Huế vài chục cây số. Tàn sát, chết chóc. Lần này có cả trên hai vạn tín đồ công giáo bị cáo buộc giúp đỡ kẻ xâm lược thuộc địa. Phong trào Cần Vương của sĩ phu bắt đầu.
Theo truyền thống từ ngàn xưa, nho sĩ trí thức là rường cột của chính quyền. Họ học viết chữ nho bao hàm luân lý, văn chương và nhiều khái niệm thực tiễn. Ở nước An Nam xưa, một vương quốc tinh tế và thông thái, sức mạnh là ở trí tuệ và văn hoá. Đất nước đáng thương, xanh xao, nhợt nhạt, bị làm nhục đang được tầng lớp nho sĩ trí thức và quan lại nỗ lực thức tỉnh trong lúc Hàm Nghi và quan quân đi theo cố thoát khỏi sự truy đuổi của quân lính thuộc địa. Phong trào cần vương của sĩ phu kéo dài gần mười năm. Mười năm "bình định" với các trận giao chiến, xử giảo, tống giam vào nhà tù khổ sai nổi tiếng khủng khiếp ở đảo Côn Lôn.
Cuộc "xuất bôn" của Hàm Nghi nhanh chóng trở thành nỗi thống khổ. Quan quân mệt mỏi, kiệt sức. Nhiều người nhiễm bệnh sốt rét, dịch tả. Hết đường cái và đường mòn, quan quân phải rẽ lá vạch đường mà đi trong rừng rậm. Con số những người trung thành giảm dần. Từng đoàn người không chịu nổi gian khổ bỏ về Huế đầu hàng.
Đói khát, kiệt sức, vua, nhất là hai quan phụ chính luôn luôn ở bên để khuyên nhủ và giữ vai trò quyết định, bỏ ý định lên phía Bắc và rẽ đường về phía tây tìm nơi ẩn náu ở một vùng còn trung thành với triều đình. Ở đó, trong một vùng đồi núi và nhiều sông, suối, quan quân yếu sức dần, triển vọng thắng lợi ngày càng xa. Quân Pháp cơ hồ đuổi kịp đến nơi. Họ chỉ thấy những xóm làng hoang vắng. Giếng bị lấp đầy, các kho lúa trống rỗng. Nhà vua được một toán dân miền núi giúp sức đã đánh thắng được vài trận. Nhiều viên chỉ huy nổi tiếng trong đó có đại uý Hugo của tướng De Courcy bị thiệt mạng trong một cuộc giao chiến. Nhiều cánh quân phái đi truy kích phải quay về. Vua và quan phụ chính tưởng đã đến lúc thay đổi được chiều hướng phát triển của lịch sử. Được tin thắng trận cổ vũ, phong trào Cần vương của sĩ phu cả nước lại rộ lên. Nhiều thanh niên gia nhập quân đội trung thành với triều đình. Lần đầu, quân Pháp bị dồn vào tình thế khốn quẫn.
Nhưng thắng lợi quá ngắn ngủi. Một cánh quân mới được phái đến đã xông vào chỗ vua trú ẩn, suýt nữa thì bắt được. Quan quân triều đình lại một phen nữa bị đánh tơi tả. Nhờ lửa cháy ngùn ngụt giữa trận tiền, Nhà vua một lần nữa lại chạy thoát. Lần này không còn kiệu có lính khiêng vác nữa. Vua phải chạy bộ nhiều ngày trong rừng trước khi đuổi kịp cánh tàn quân đi sau. Người Pháp không còn uy hiếp mạnh như trước. Ở chính quốc, chiến tranh kéo dài nên mất sự ủng hộ của nhân dân. Một số quân đội đưa sang lại lần nữa chống lại lệnh truy kích. Cuối cùng nhờ một tên quan hầu rất gần gũi vua phản bội đi báo cho Pháp chỗ vua trú ẩn. Thế là quân Pháp xông vào bắt sống. Sự kiện này diễn ra ba năm sau khi thất thủ kinh thành Huế tại một vùng người Mường gần biên giới với Lào.
Quan phụ chính Tôn Thất Thuyết lâu nay vẫn luôn luôn đi sát vua nay thấy không bảo vệ được vua đã trốn được sang Trung Quốc.
Làm gì với Nhà vua đã bị bắt? Lại đưa lên ngai vàng hay bắt phải thoái vị? Các nhà đương cục thuộc địa không phải suy nghĩ nhiều. Chỉ mấy ngày sau khi chiếm được thành Huế, người Pháp đã tự ý lập người anh cả của vua Hàm Nghi là Đồng Khánh lên làm vua, bất chấp thông lệ là nếu không do Hội đồng hoàng gia tiến cử thì phải hỏi ý kiến đình thần trước khi lập vua mới. Tuy nhiên cũng có một bộ phận đình thần đứng đầu là Hoàng Thái hậu Từ Dũ và quan phụ chính thứ hai Nguyễn Văn Tường mới về hàng Pháp, ủng hộ. Một sự khuất phục hoàn toàn. Vị tân Hoàng đế Đồng Khánh thậm chí còn đi đến ban huân chương cho lính Pháp đã tấn công đánh chiếm hoàng thành. Còn Hàm Nghi? Đi đày là xong? Tận Algérie.
Từ nay chính quyền bảo hộ muốn làm gì tuỳ ý, muốn lập ai làm vua cũng được. Thế là người Pháp hoàn toàn quyết định thay cả Trời. Vào cuối thế kỷ, Trời hay còn gọi là Thượng đế, ở xứ An Nam là chính quyền bảo hộ.
